Σε συνομιλίες με την Τουρκία βρίσκεται ο Frontex προκειμένου να διαμορφωθεί κοινό πλαίσιο επιχειρησιακής συνεργασίας για τη φύλαξη των εξωτερικών συνόρων της Ε.Ε. Σε πρώτο στάδιο η συνεργασία θα αφορά την ανταλλαγή πληροφοριών και την εκπαίδευση Τούρκων αστυνομικών και λιμενικών. Στο απώτερο μέλλον στόχος είναι η συμμετοχή της Τουρκίας σε επιχειρήσεις.
Ομως ενδεχόμενη «συνδιαχείριση» του Αιγαίου με την Τουρκία εγείρει σοβαρές ανησυχίες στην Ελλάδα. Ερωτώμενος σχετικά ο κ. Λαϊτίνεν προσπάθησε να καθησυχάσει τις ανησυχίες, τονίζοντας ότι μέχρι στιγμής πρόκειται για ένα «έγγραφο εργασίας που αφορά πρακτικά θέματα και δεν μπορεί να θεωρηθεί πολιτική συμφωνία». Ερωτώμενος για τις συνεχείς παρενοχλήσεις ελικοπτέρων του Frontex από την τουρκική πλευρά, σημείωσε ότι «το σημαντικό είναι να συνεχίσουμε να επιχειρούμε». Ομως, όταν οι πιλότοι του Frontex επιχειρούν πάνω από το Αγαθονήσι, το Φαρμακονήσι ή άλλες -κατά την Αγκυρα- «γκρίζες ζώνες» και οι Τούρκοι ελεγκτές εναέριας κυκλοφορίας τους λένε ότι κινούνται «εντός τουρκικού εναέριου χώρου», τα αεροσκάφη του Frontex αμέσως απομακρύνονται. Οπότε δεν είναι εφικτή η επιτήρηση συγκεκριμένου τμήματος των εξωτερικών συνόρων της Ε.Ε.
Από την πλευρά του, ο κ. Χρυσοχοΐδης δήλωσε ότι η Τουρκία επιχειρεί να αξιοποιήσει το έγγραφο εργασίας για θέματα που άπτονται της εθνικής πολιτικής και γι’ αυτό αποτελεί αίτημα της Ελλάδας στη συμφωνία Frontex - Τουρκίας να υπάρχει ρητή αναφορά ότι η Ελλάδα αποτελεί εξωτερικό σύνορο της Ε.Ε.